Rozwinął również system pomocy dla osób opuszczających więzienia, działający od 1994.
W 2002 roku zainicjował z przyjaciółmi (Bolesławem Śliwickim) wystawienie do lokalnych wyborów młodzieży i aktywu społecznego pod szyldem Ruchu Serc: wystartował on w Gliwicach, nie uzyskując w ich samorządzie mandatów.
Zmarł 19 sierpnia 2002 w Szpitalu Bielańskim w Warszawie w wyniku rozległych obrażeń odniesionych w wypadku samochodowym w Nowym Dworze Mazowieckim. Został pochowany na Powązkach Wojskowych w Warszawie (kwatera A-1a-26).
Kontrowersje Marek Kotański formalnie był zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa, zarazem nie wiadomo jaki dokładnie charakter miały jego raporty i rozmowy z funkcjonariuszami SB.
Upamiętnienie Od 2002 corocznie organizowane były koncerty charytatywne „Dzień Kotana – Daj siebie innym”, poświęcone pamięci Marka Kotańskiego. W 2006 roku młodzież z łódzkiego Ośrodka Monaru założyła wyczynową drużynę piłkarską w Ozorkowie, która nosi nazwę „KOTAN”, a w herbie klubowym widnieje profil Marka Kotańskiego. Jego imieniem nazwano park w warszawskiej dzielnicy Włochy Park im. Marka Kotańskiego w Targeo. Postać Marka Kotańskiego występuje w filmie Najlepszy w reżyserii Łukasza Palkowskiego. Rolę tę grał Janusz Gajos. Anna Kamińska Kotański. Bóg ojciec.