Ród Koperników pochodził przypuszczalnie ze śląskiej wsi Koperniki położonej między Nysą i Prudnikiem lub z samej Nysy. W XIV wieku członkowie tej rodziny osiedlali się w miastach księstw śląskich (Ząbkowice, Nysa, Wrocław) i w Zgorzelcu, a następnie w dużych miastach Polski (Kraków – 1367, Lwów – 1439) i państwa zakonu krzyżackiego (Toruń – 1400). Ojciec astronoma Mikołaj Starszy wywodził się z krakowskiej linii rodziny, która została przyjęta do prawa miejskiego pod koniec XIV wieku. W źródłach jest po raz pierwszy poświadczony w 1448 jako krakowski kupiec, prowadzący handel miedzią (niem. Kupfer; można założyć, że osoby zajmujące się zawodowo miedzią zostały nazwane „Kopernikami”, przy czym przyrostek „-ik” ma charakter słowiański) z Gdańskiem. W czasie wojny trzynastoletniej, w sierpniu 1454, brał udział w negocjacjach finansowych pomiędzy kardynałem Zbigniewem Oleśnickim a miastami pruskimi. Około 1458 przeniósł się do Torunia, gdzie ok. 1460 zawarł małżeństwo z Barbarą Watzenrode.

Rodzina Watzenrode pochodziła z Westfalii i osiedliła się w Toruniu w 1. poł. XIV wieku;