Niektóre organella komórek eukariotycznych (mitochondria oraz plastydy) pochodzą od endosymbiotycznych bakterii. Są one otoczone dwiema błonami, posiadają własny, niezależny od jądra komórkowego materiał genetyczny w postaci kolistej cząsteczki DNA oraz własne, inne od cytoplazmatycznych, rybosomy.
Innym organellum otoczonym dwiema błonami jest jądro komórkowe, jednak nie ma wielu danych sugerujących, że jest również pochodzenia endosymbiotycznego. Bardziej prawdopodobne jest, że otoczka jądra komórkowego, jak i inne błony organellów komórkowych, prócz plastydów i mitochondriów (retikulum endoplazmatyczne, aparat Golgiego, endosomy, lizosomy), powstały poprzez inwaginację (wpuklenie) błony komórkowej. Istnieją też sugestie, że wici komórek eukariotycznych są również efektem dawnej endosymbiozy, ale jak dotąd brak na to dowodów.
Historia W latach 30. XIX wieku Félix Dujardin zakwestionował teorię Ehrenberga, według której mikroorganizmy mają takie same narządy jak zwierzęta wielokomórkowe, tylko w mniejszej skali.