Stworzył wtedy pierwszą wersję teorii systemów autonomicznych, wówczas nazywanej teorią układów samodzielnych, której dwustustronicowy rękopis został zniszczony w powstaniu warszawskim.
Okres powojenny thumb|Marian Mazur z żoną Hanną Mazur Po wojnie Marian Mazur próbował wznowić pracę nad teorią systemów autonomicznych, ale było to trudne ze względu na stosunek władz do tej tematyki oraz konieczność odbudowy kraju. W latach 1946–1947 pracował jako inspektor w Ministerstwie Przemysłu i Handlu. Następnie rozpoczął pracę w Zakładzie Elektrotermii resortowego Instytutu Elektrotechniki w podwarszawskim Międzylesiu (1948–1967), wykładał jednocześnie na Politechnice Warszawskiej. Zajmował się zagadnieniami elektrotermii, dziedziny wiedzy, w której występowało wiele interesujących go problemów sterowniczych. Najpierw stworzył laboratorium pomiarowe na potrzeby elektrotermii, potem zajmował się analizami teoretycznymi i badaniami eksperymentalnymi z zakresu nagrzewania promiennikowego (podczerwienią). W roku 1951 obronił na Politechnice Warszawskiej pracę doktorską pt. Promieniowanie zwrotne oporowych skrętek grzejnych. Wprowadził do literatury m.in. wzór wyrażający współczynnik promieniowania zwrotnego oporowych skrętek grzejnych. W 1954 roku uzyskał nominację na profesora nadzwyczajnego.