W listopadzie 1938 na UJ zaprowadzono getto ławkowe.
6 listopada 1939, wkrótce po wybuchu II wojny światowej i zajęciu Krakowa, niemieccy okupanci w ramach akcji Sonderaktion Krakau zgromadzili pod pretekstem wykładu ponad stu czterdziestu profesorów i asystentów uniwersytetu, których aresztowano i zesłano do obozu koncentracyjnego w SachsenhausenCo najmniej 20 spośród aresztowanych osób zmarło na skutek ciężkich warunków obozowych lub zostało zamordowanych.. W czasie trwania wojny (1939–1945) uniwersytet był zamknięty, lecz kilkuset studentów i profesorów brało udział w tajnym nauczaniu.
W latach powojennych kontrolę nad uczelnią przejęły władze Polski Ludowej, w szczególności Polska Zjednoczona Partia Robotnicza (wcześniej PPR). W okresie stalinizmu w zajęciach dydaktycznych, szczególnie w zakresie nauk społecznych, została narzucona doktryna marksizmu-leninizmu. W latach 1950–1954 z kilku wydzielonych wydziałów utworzono nowe uczelnie wyższe, w tym: Akademię Rolniczą, Akademię Wychowania Fizycznego i Akademię Medyczną. Zlikwidowano też Wydział Teologiczny. Sytuacja uległa zmianie od października 1956, gdy uniwersytet odzyskał częściowo autonomię. W marcu 1968 roku oddziały ZOMO wtargnęły na teren Collegium Novum UJ i pobiły tam protestujących studentów.