Współcześnie w skład UJ wchodzi trzynaście wydziałów głównych oraz trzy wydziały Collegium Medicum. W 2016 roku uczelnia zatrudniała na wszystkich wydziałach około czterech tysięcy pracowników naukowych, studiowało na niej ponad czterdzieści tysięcy osób: studentów, doktorantów oraz słuchaczy studiów podyplomowych. W 2021 roku w rankingu szkół wyższych miesięcznika Perspektywy UJ został sklasyfikowany jako najlepsza uczelnia w Polsce.
Uniwersytet posiada i wykorzystuje do celów dydaktyczno-naukowych szereg budynków, które są zlokalizowane na terenie Krakowa: I Kampus w obrębie Starego Miasta, II Kampus w obrębie ulicy Krupniczej i Alei Trzech Wieszczów, III Kampus na Ruczaju, obiekty Collegium Medicum w obrębie ulic Kopernika i Śniadeckich oraz liczne inne obiekty rozproszone na terenie miasta i poza nim. Główną biblioteką uniwersytecką jest Biblioteka Jagiellońska – jedna z największych bibliotek w Polsce. W najstarszym gmachu uniwersyteckim Collegium Maius znajduje się Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego, stworzone przez Karola Estreichera.
Jako jedyna uczelnia w Polsce Uniwersytet Jagielloński jest członkiem wielu stowarzyszeń zrzeszających najbardziej prestiżowe uniwersytety świata, m.in.