Jeśli chodzi o liczbę genów, przykładowo genomy wirusów roślin zawierają geny (otwarte ramki odczytu) w liczbie od 1 (satelitarny wirus nekrozy tytoniu) do 12 (reowirusy).
Wirusy mają stosunkowo małe genomy z kilku powodów. Po pierwsze, mogą korzystać z białek komórki gospodarzowej, w związku z czym nie muszą same ich kodować (są jednak i takie białka, które muszą kodować same, jak u wirusów RNA). Po drugie, informacja w genomie jest zakodowana w sposób efektywny i oszczędny; geny mogą nakładać się na siebie. Po trzecie, białka wirusowe mogą być wielofunkcyjne, wykazywać kilka różnych aktywności enzymatycznych.
Poza informacją o budowie białek wirusowych genom zawiera także dodatkowe informacje, jak sygnały kontrolujące ekspresję genów. Mogą być one zawarte w sekwencji nukleotydów, a w przypadku genomów jednoniciowych – w strukturach powstałych w wyniku sparowania zasad między komplementarnymi sekwencjami takich pojedynczych nici. Należą do nich (ang. stem-loop), wybrzuszenia (wypętlenia, ang. bulges), . Tworzą one struktury wyższego rzędu.