Działalność w MSW W listopadzie 1981 został urlopowany z WP i oddelegowany do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, gdzie został dyrektorem generalnym Ministerstwa Spraw Wewnętrznych – szefem Wojsk MSW. Na tym stanowisku nadzorował wojska resortu (Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe MSW, Wojska Ochrony Pogranicza i Biuro Ochrony Rządu). W okresie stanu wojennego zastępca Czubińskiego na tym stanowisku, płk Mieczysław Roman w wyniku awantury domowej o charakterze politycznym zastrzelił swojego zięcia oraz osłaniającą go córkęSławomir Cenckiewicz, Strzały na Belwederskiej. Były oficer wywiadu PRL, dobry kolega Jaruzelskiego i Kiszczaka, zastrzelił córkę i zięcia. Odsiedział niecałe pięć lat, https://historia.uwazamrze.pl/artykul/911165/strzaly-na-belwederskiej.
Od 18 lutego 1983 do 6 marca 1990 podsekretarz stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych, jeden z zastępców ministra spraw wewnętrznych gen. Czesława Kiszczaka. W latach 1982–1990 docent w Zakładzie I Instytutu III, a w latach 1985–1990 członek Rady Naukowej Akademii Spraw Wewnętrznych w Warszawie. W latach 80. wchodził również w skład Komitetu Redakcyjnego Zeszytów Naukowych Akademii Spraw Wewnętrznych. Był członkiem Rady Naukowej Instytutu Kryminalistyki MSW, a w okresie 1987–1989 członkiem Prezydium Komisji ds. Reformy Prawa Karnego.