W 1996 bez problemu został wybrany na drugą kadencję prezydencką. Następnie doprowadził do przegłosowania przez naddniestrzańską Radę Najwyższą poprawek do konstytucji znacząco poszerzających kompetencje głowy państwa (de facto w 2000 w Naddniestrzu przejście z systemu parlamentarno-prezydenckiego na prezydencki), a także dających mu prawo ubiegania się o kolejne kadencje na urzędzie. W 2001 zwyciężył w wyborach po raz trzeciJ. Solak, Mołdawia..., s. 49.. Wokół osoby Smirnowa powstał kult jednostki, gloryfikowano i wyolbrzymiano zwłaszcza jego rolę w wojnie z 1992. Długoletnie rządy w Naddniestrzu i umiejętne wykorzystywanie różnic w rosyjskiej elicie władzy sprawiło, że był w stanie uzyskać dla Naddniestrza pewien zakres niezależności od patronującej mu Rosji, w tym blokować aprobowany przez Rosję projekt porozumienia naddniestrzańsko-mołdawskiego. Siłą polityczną, na której się opierał, był partyjny blok Jedność, kierowany przez syna Smirnowa Olega.