Powrócił do praktyki utrzymywania kontaktów z Kościołem Zjednoczeniowym i organizacji z nim powiązanych.
Działalność poza Kościołem katolickim Od 2006 r. Emmanuel Milingo jako przełożony prałatury Married Priests Now! i bez zgody papieża wyświęcił kilkudziesięciu duchownych (diakonów, prezbiterów, biskupów) dla różnych parafii i wspólnot chrześcijańskich odwołujących się do doktryny katolickiej, ale pozostających poza jednością ze Stolicą Apostolską. Wydał ponadto płytę Milingo Experience i opublikował autobiografię Confessioni di uno scomunicato.
17 grudnia 2009 r. Stolica Apostolska podjęła decyzję o oficjalnym wykluczeniu Emmanuela Milingo z duchowieństwa rzymskokatolickiego i przeniesieniu do stanu świeckiego. Mimo tych kar kościelnych były arcybiskup nadal prowadzi swoją działalność, odprawia msze święte i udziela sakramentów. W 2010 r. przyjął od grupy afrykańskich duchownych tytuł patriarchy Afryki PołudniowejZambia: Milingo to be installed as patriarch lusakatimes.com. Jego intronizacja odbyła się 13 maja 2010 r. w Jaunde. Powtórzono ją również 13 sierpnia 2010 r. w Lusace.