Po ogromnym sukcesie Parku Jurajskiego, Neill wystąpił także w 2001 roku w trzeciej części serii.
Jedną z niezapomnianych kreacji stworzył w horrorze Johna Carpentera W paszczy szaleństwa (In the Mouth of Madness, 1995) jako prywatny detektyw John Trent, wynajęty do zbadania tajemniczego zniknięcia poczytnego pisarza horrorów tuż przed premierą jego najnowszej książki; wyniku śledztwa ląduje jednak w szpitalu psychiatrycznym. Był brany pod uwagę do roli Ósmego Doktora w Doktorze Who (1996), a także kandydował do roli Aramisa w Człowieku w żelaznej masce (1998). Reżyser Robert Redford obsadził go w roli Roberta MacLeana w swoim filmie Zaklinacz koni (1998). W tym czasie również pracował nad telewizyjną produkcją fantasy Steve’a Barrona – Merlin (1998). Tytułowa rola Merlina przyniosła mu nominacje do nagrody Emmy i Złotego Globu. W Człowieku przyszłości Chrisa Columbusa (1999) u boku Robina Williamsa zagrał Richarda „Sir” Martina, głowę rodziny Martinów. W serialu telewizji BBC / Showtime Dynastia Tudorów (The Tudors, 2007) pojawił się jako kardynał Thomas Wolsey.
thumb|upright=0.8|Sam Neill (2010)