W 1428 roku Chojnów został zaatakowany przez Husytów, którzy zdobyli zamek, dokonali rzezi mieszkańców oraz spalili miasto. Pomimo zniszczeń miastu udało się odrodzić; wpływ na taki stan rzeczy miały książęce i papieskie zwolnienia ze świadczeń oraz lokalizacja miasta na trasie jednej z odnóg Via Regia, która była ówcześnie ważnym szlakiem handlowym.
W 1523 roku książę legnicki Fryderyk II przeszedł na protestantyzm, dając ludności księstwa – w tym chojnowianom – wolność wyznania. Z czasem rozwijająca się reformacja wpłynęła na zmianę wyznania wśród większości mieszczan, co doprowadziło w 1535 roku do złożenia przez katolickiego proboszcza swojego urzędu oraz do przybycia do miasta pierwszego pastora. XVII wiek upłynął w Chojnowie pod znakiem niepokojów na tle religijnym; w latach 1618–1648 duże zniszczenia miasta przyniosła toczona między państwami katolickimi a protestanckimi wojna trzydziestoletnia. Od 1675 roku trwał stopniowy eksodus mieszkańców wyznania protestanckiego, który był efektem habsburskiej polityki kontrreformacji. Cesarskie zarządzenia doprowadziły do buntu chojnowskiej Rady Miejskiej, która została usunięta i zastąpiona osobami wyznania katolickiego. Poprawę sytuacji przyniosła ugoda altransztadzka z 1707 roku, która m.in.