24 sierpnia Arendt został przeniesiony do Radomia w celu sformowania kompanii przeciwpancernej.
Wziął udział w wojnie obronnej 1939 roku, podczas której został ranny w bitwie pod Iłżą. Uniknął niewoli niemieckiej. W październiku 1939 roku udał się do Radomia, stamtąd wyjechał do Starej Kiszewy, a w styczniu 1940 roku wrócił do Kartuz. W początkowym okresie okupacji był dwukrotnie aresztowany, a w końcu skierowano go na przymusowe roboty do niemieckiego gospodarstwa rolnego w Kobysewie na Pomorzu. W marcu 1940 roku zdołał otrzymać od Oskara Orłowskiego fałszywe dokumenty i przepustkę zezwalającą na odbywanie podróży z Pomorza do Generalnego Gubernatorstwa. Od 1941 roku pracował w firmie Hoffmana, następnie w gdyńskim przedsiębiorstwie budowlanym „Nord-Ost-Bau”.
Dokładna data jego przystąpienia do Tajnej Organizacji Wojskowej „Gryf Pomorski” jest nieznana. Krzysztof Komorowski podaje rok 1940, z kolei Andrzej Gąsiorowski w książce pt. Jan Kaszubowski i służby specjalne. Gestapo, Smiersz, UB. zacytował relację Arendta, z której wynikało, że wojskowy do 1943 roku nie wiedział o istnieniu „Gryfa Pomorskiego”.