Po Euro 2004 34-letni Zuberbühler zastąpił Stiela, który pożegnał się z reprezentacją. Na Mundialu 2006 kierował jedną z najmłodszych formacji defensywnych, tak skutecznie, że we wszystkich czterech meczach (trzy spotkania fazy grupowej i mecz 1/8 finału) nie puścił gola. Szwajcarzy zajęli w grupie pierwsze miejsce, wyprzedzając m.in. przyszłych wicemistrzów świata Francuzów, ale w drugiej rundzie nie dali rady Ukraińcom. W konkursie rzutów karnych jego vis-à-vis Ołeksandr Szowkowskyj okazał się skuteczniejszy.
Jednak mimo udanego występu na Mundialu, wkrótce po turnieju stracił miejsce w kadrze na rzecz młodszego o dwanaście lat Diego Benaglio, który notował dobre mecze w barwach CD Nacional i VfL Wolfsburg. Zuberbühler – jako rezerwowy – uczestniczył w Euro 2008, zagrał nawet w jednym spotkaniu (z Portugalią 2:0).