Danijel Ljuboja (cyryl. Данијел Љубоја; ur. 4 września 1978 w Vinkovci) – serbski piłkarz występujący na pozycji napastnika.
Kariera klubowa Danijel Ljuboja urodził się na terenie ówczesnej Jugosławii i jako junior trenował kolejno w takich drużynach, jak Dinamo Vinkovci, NK Osijek i FK Crvena zvezda. Następnie przeniósł się do Francji, gdzie w 1998 roku rozpoczynał zawodową karierę w FC Sochaux-Montbéliard. W debiutanckim sezonie w barwach zespołu z Montbéliard rozegrał 26 spotkań w Division 1 i strzelił 4 gole. Sochaux w ligowej tabeli zajęło jednak dopiero 17. lokatę i spadło do drugiej ligi. W Ligue 2 Ljuboja zdobył 16 bramek w 36 występach, a w ataku swojej drużyny grał między innymi z Anto Drobnjakiem. W klasyfikacji najlepszych strzelców Serba wyprzedził tylko Amara Traoré, który zdobył jednego gola więcej.
Dobra forma sprawiła, że latem 2000 roku Ljuboja przeszedł do pierwszoligowego Strasbourga. W sezonie 2000/01 wywalczył razem z nim Puchar Francji, jednak w Division 1 Strasbourg zajął ostatnie miejsce i spadł do niższej ligi. Podczas edycji 2001/02 serbski zawodnik zaliczył 15 trafień i został najlepszym strzelcem swojej drużyny.