w listopadzie 1578 roku, w kościele Dominikanów w Krakowie, nastąpiło oficjalne odprzysiężenie obu braci Myszkowskich od wiary ewangelicko-reformowanej. Następnie został wysłany na nauki do kolegium jezuickiego w Sienie, gdzie przebywał na dworze księcia Franciszka.
Margrabia – ordynat Po śmierci stryja Piotra w 1591 roku, odziedziczył Myszkowski po biskupie krakowskim, poza sporymi sumami pieniężnymi, dwa duże kompleksy dóbr: pińczowski oraz chroberski. W 1592 roku w pobliżu Pińczowa, założył nowe miasto Mirów. Rok później uzyskał od króla pozwolenie na drugi jarmark w Pińczowie. W latach 1593–5 administrował żupy solne krakowskie. W 1596 roku Myszkowski wraz z bratem Piotrem otrzymał od papieża Klemensa VIII tytuł margrabiego, a w 1597 roku, podczas pobytu w Mantui, obaj bracia Myszkowscy zostali adoptowani do rodu Gonzagów.
Herb Myszkowskich, Jastrzębiec, został udostojniony: na tarczy herbowej oprócz rodowego godła Myszkowskich znalazły się barwy i emblematy Gonzagów. W 1601 roku otrzymał Myszkowski w dożywocie od Zygmunta III Wazy trzy wsie w powiecie chęcińskim: Brzegi, Brzeźno i Żerniki.