Do pobicia dojść miało, gdy Arafat z ciekawości udał się do dzielnicy żydowskiej Kairu w trakcie nabożeństw.
Edukacja Uczęszczał na Uniwersytet Króla Fu’ada I, później przemianowany na Uniwersytet Kairski. W czasie pobytu w Kairze próbował zrozumieć judaizm i syjonizm, angażując się w dyskusje z Żydami oraz czytając publikacje Theodora Herzla i innych syjonistów. Stopniowo ulegał radykalizacji. W 1946 roku był już zadeklarowanym palestyńskim nacjonalistą. Zajmował się przemytem broni dla palestyńskich organizacji arabskich (w tym Armia Świętej Wojny czy Wyższy Komitet Arabski). W trakcie I wojny arabsko-izraelskiej na krótko opuścił uniwersytet i przedostał się do Palestyny. Dołączył do oddziałów Bractwa Muzułmańskiego (jednak nie przyłączył się do samej organizacji). Brał udział w walkach w rejonie Gazy, która stała się głównym polem bitwy wojsk egipskich w czasie trwania wojny. Na początku 1949 roku zakończył działalność zbrojną i powrócił do Kairu, gdzie ponowił studia inżynieryjne.