W październiku 1946 został na własną prośbę przeniesiony do wojska z zachowaniem stopnia podpułkownika. W okresie od 25 października 1946 do 22 lipca 1947 był słuchaczem Kursu Dowódców Pułków w Oficerskiej Szkole Lotniczej Wojska Polskiego z jednoczesnym kursem pilotażu. Po ukończeniu kursu został przydzielony do 3 Pułku Lotnictwa Myśliwskiego na Oksywiu i wyznaczony na stanowisko pomocnika dowódcy pułku do spraw pilotażu. Od 1 sierpnia 1949 do 31 lipca 1951 był słuchaczem radzieckiej Wojskowej Akademii Lotniczej w Monino. Od 1954 generał brygady i zastępca dowódcy Wojsk Lotniczych. W czerwcu 1956 wydał rozkaz polskiemu lotnictwu prowadzić potajemnie rozpoznanie ruchu wojsk radzieckich z obwodu królewieckiegoMarian Mikołajczuk, Rok 1956, w: „Skrzydlata Polska” nr 1/2006.. W październiku 1956, według wersji podanej przez natolińczyków, wydał stacjonującej w Poznaniu jednostce lotniczej rozkaz zbombardowania radzieckiej kolumny pancernej maszerującej na Warszawę z Bornego Sulinowa, gdyby negocjacje polskich władz komunistycznych z Nikitą Chruszczowem zakończyły się fiaskiemAndrzej Albert (Wojciech Roszkowski), Najnowsza historia Polski 1918–1980, Londyn 1991, s. 733: „...gen. Jan Frey-Bielecki, który w październiku zagroził zbombardowaniem kolumn Armii Czerwonej”;