Pierwszą powojenną mszę dla katolików, w kaplicy obok kościoła, odprawił 6 maja 1945 ks. Florian Berlik (TChR). Po wojnie w latach 1947-1948 kościół częściowo odbudowano jako rektoralny i akademicki. Od roku 1954 był to kościół parafialny dla parafii św. Jakuba Apostoła, a od 5 marca 1974 roku jest to kościół parafialny parafii św. Jana Chrzciciela. W latach 1960–1961 (za proboszcza Juliana Janasa) we wnętrzu wykonano przez Annę i Leonarda Torwirtów tryptyk z Matką Bożą z Dzieciątkiem, św. Janem Chrzcicielem i św. Jakubem oraz św. Wojciechem i św. Ottonem. Ołtarz ten miał być przeznaczony dla kościoła św. Jakuba będącego wtedy w ruinie. W bocznym ołtarzu kopię Cudownego Obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej wykonali A.L. Torwirtowie z Torunia. W latach 1986–1987 staraniem proboszcza Ireneusza Antkowiaka, zrekonstruowano wieżę ze spiczastym hełmem. Ten sam ksiądz zbudował też przy kościele budynek plebanijno–katechetyczny.
Wyposażenie thumb|Wnętrze kościoła|lewo Charakterystyczne są umieszczone na narożnikach i portalach kościoła metalowe rzygacze w kształcie skrzydlatych smoków. Wewnątrz na sklepieniu kruchty znajdują się malowidła przedstawiające czterech ewangelistów.