W latach 60. XX w. cmentarz został uporządkowany (zob. wygląd cmentarza) według projektu Tadeusza Wyrzykowskiego, który wzorował się na koncepcji Romualda Gutta i Aliny Scholtzówny z 1946, uzupełniając ją m.in. o własne projekty nagrobków. Jednocześnie obszar cmentarza został znacznie zmniejszony, pierwotnie zajmował bowiem teren ok. 13,3 ha między cmentarzem Wolskim a nieistniejącą dziś ul. Baltazara (równoległa do ul. Redutowej), tymczasem w toku prac porządkowych wschodnią granicę cofnięto do ul. Józefa Sowińskiego. Jednocześnie zaorano wszystkie mogiły niszcząc istniejące, prowizoryczne nagrobki.
Formalnie nekropolia pozostawała pod administracją władz miejskich, lecz z czasem kontrolę nad miejscem przejął Związek Bojowników o Wolność i Demokrację (ZBoWiD), decydując o tym, kto i jaki napis mógł umieścić na nagrobkach. Już zresztą pod koniec lat 40. XX w. wiele osób grzebano anonimowo, chociaż dało się ustalić ich personalia (dotyczyło to zwłaszcza żołnierzy Armii Krajowej). Co najmniej do połowy ostatniej dekady XX w. obowiązywał regulamin zabraniający m.in. samowolnego umieszczania napisów na pomnikach.