W Roztokach (część wsi Witów) Siwa Woda łączy się Kirową Wodą i od tego miejsca zaczyna się dolny bieg Czarnego Dunajca.
Dyskusje na temat który ciek wodny należy uznać za źródło Czarnego Dunajca trwały co najmniej od połowy XIX w. (wówczas m.in. przypisywano tę rolę Potokowi Kościeliskiemu). Eugeniusz Janota w cytowanym wyżej przewodniku pisał w roku 1860: Jeżeli zatem koniecznie jeden z trzech potoków tatrzańskich zlewających się powyżéj Witowa w jedno koryto ma być uważany za Czarny Dunajec, zaszczyt ten wypada przyznać potokowi płynącemu z doliny chochołowskiéj, a to od połączenia się potoków Jarzębczéj i Starorobociańskiego poniżéj tak zwanych Kominów Dudowych, albowiem w téj dolinie C[z]arno-Dunajczanie mają swe polany.
Czarny Dunajec płynie przez Podhale, początkowo na północny zachód, pomiędzy Pogórzem Gubałowskim i Orawicko-Witowskimi Wierchami, potem na północ przez Kotlinę Orawsko-Nowotarską. Zatacza w niej obszerny łuk i płynie na wschód. Przepływa przez miejscowości: Witów, Chochołów, Koniówkę, Podczerwone, Czarny Dunajec, Wróblówkę, Długopole, Krauszów i Ludźmierz.