Po II wojnie światowej rezerwat został powołany ponownie Zarządzeniem Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z dnia 27 listopada 1956 roku (). Według aktu powołującego, rezerwat o powierzchni 49,7 ha utworzono w celu zachowania ze względów naukowych i dydaktycznych torfowiska wysokiego z dobrze zachowaną roślinnością charakterystyczną dla tego rodzaju torfowisk na Podhalu. Wówczas rezerwat otrzymał obowiązującą do dziś nazwę „Bór na Czerwonem”. W 2003 r. z inicjatywy Nadleśnictwa Nowy Targ powierzchnię rezerwatu powiększono o kolejne blisko 65 ha, do aktualnych 114,66 ha.
W ostatnich latach problemem jest zarastanie terenu rezerwatu przez drzewa i krzewy. Zmienia to bezleśny dotąd charakter terenu, typowy dla torfowisk wysokich, zwanych w tym regionie pustaciami lub puściznami, a jednocześnie powoduje jego wysuszanie przez zwiększony pobór wody z podłoża. W trybie ochrony czynnej w styczniu 2024 r. rozpoczęto na terenie rezerwatu wycinkę drzew i krzewów w ramach projektu „Karpaty łączą”, finansowanego w tzw. funduszu norweskiego.