Należy ono jak Jezioro Długie, Karsińskie, Witoczno, Kosobudno i Łąckie, do jezior rynnowych, najczęściej przepływowych. W Parku Zaborskim można spotkać, charakterystyczne dla tego terenu, oligotroficzne jeziora lobeliowe z kryształowo czystą wodą i ubogie pokarmowo oraz małe jeziorka dystroficzne bogate w związki humusowe.
Przez Park przepływają również rzeki. Największa to Brda, mniejsza Zbrzyca oraz niewielkie rzeczki płynące w dolinach o wysokich krawędziach porośniętych lasem – Kulawa i Kłonecznica.
Roślinność W parku przeważają lasy sosnowe, jednak na glebach powstałych z glin morenowych rosną naturalne lasy typu grądowego z bogatym runem. Uzupełnia je bogata roślinność, w tym relikty pochodzenia polodowcowego na przykład: turzyca strunowa, bażyna czarna, skalnica torfowiskowa, zimoziół północny oraz kilka gatunków mszaków. Bywa tu wyka kaszubska. W jeziorach lobeliowych występują rzadkie rośliny wodne: stroiczka jeziorna, poryblin jeziorny, elisma wodna, jeżogłówka pokrewna.