W 1918 roku otrzymał tekę ministra spraw wewnętrznych w rządzie Ignacego Daszyńskiego (6/7 - 11 listopada 1918), tę samą funkcję pełnił w rządzie Jędrzeja Moraczewskiego (17 listopada 1918 - 16 stycznia 1919). W endecko-ziemiańskim zamachu pułkownika Januszajtisa na rząd Moraczewskiego, z 4 na 5 stycznia 1919 roku, do Stanisława Thugutta strzelano, a następnie go uwięziono (planowano jego utopienie w Wiśle)Pierwszy zamach II RP. Zamach szybko udaremniono, ale już 16 stycznia, w porozumieniu z Józefem Piłsudskim, gabinet Moraczewskiego podał się do dymisji. Po utworzeniu rządu Ignacego Paderewskiego, Thugutt został oddelegowany przez Naczelnika Państwa do składu Komitetu Narodowego Polskiego w Paryżu – członek polskiej delegacji na paryską konferencję pokojową. W czasie wojny polsko bolszewickiej zgłosił się latem 1920 roku na ochotnika w szeregi Wojska Polskiego i uczestniczył w walkach (rezygnując jednocześnie z możliwości otrzymania stopnia oficerskiego). Podczas jednej z potyczek pod Surażem odniósł ciężką ranę (postrzelony w rękę, stracił w niej władanie).