200px|left|thumb|Zamek w Edynburgu 200px|thumb|left|Opactwo Iona 150px|left|thumb|Opactwo Dunfermline Malcolm był wdowcem (jego żona Ingibiorg Finnsdottir zmarła w 1069 r.), więc przypadła mu do gustu myśl o poślubieniu panny wywodzącej się z anglosaskiej rodziny królewskiej (Małgorzata była wnuczką króla Anglii Edmunda II Żelaznobokiego). Wkrótce, w 1070 r., doszło do małżeństwa Malcolma i Małgorzaty. Ślubu udzielił celtycki biskup Fothad z St Andrews. Małgorzata została koronowana na królową Szkocji.
Od tej pory jej życie toczyło się w dwóch zamkach – w Edynburgu i Dunfermline, gdzie bardzo sumiennie wypełniała obowiązki żony i matki. Osobiście zajmowała się wychowywaniem dzieci, co nie było wówczas w zwyczaju. Jako osoba bardzo religijna dbała o kościoły. Odbudowała m.in. opactwo na wyspie Iona, założone przez Św. Kolumbę w 563 r., miejsce spoczynku władców szkockich. Zapewniła też darmowy prom oraz domy dla pielgrzymów przybywających, aby odwiedzić świątynię Świętego Andrzeja. Wraz z mężem ufundowała również opactwo Dunfermline. Użyła swoich kontaktów i znajomości, aby ułatwić wprowadzenie tzw. benedyktyńskich zasad klasztornych obowiązujących na kontynencie. Dzięki jej zaangażowaniu przeprowadzono kilka reform kościelnych, m.in.