W tym okresie Cuszima była ważnym ośrodkiem handlowym. Po inwazji Toi, rozpoczęła się prywatna wymiana handlowa pomiędzy Goryeo, Cuszimą, Iki i Kiusiu, została jednak powstrzymana przez inwazje Mongołów na Japonię między 1274 a 1281. Koryosa, historyk dynastii Goryeo, wspomina, że w 1274 mongolska armia, w skład której wchodziło wielu koreańskich żołnierzy, zabiła na wyspach wielu ludzi. Jednakże Mongołowie zostali ostatecznie powstrzymani przed dalszą agresją przeciwko Japonii.
Cuszima, obok Iki i Matsu’ury, stała się jedną z głównych baz piratów zwanych po chińsku wokou, a po japońsku wakō. Cierpiąc z powodu powtarzających się ataków, Goryeo i ich następcy, dynastia Joseon, zawierali kontrakty handlowe dla uspokojenia piratów, a także negocjowali z siogunatem Muromachi i jego przedstawicielstwem na Kiusiu. W 1389 roku, generał Park Wi z Goryeo próbował oczyścić wyspy z piratów, ale powstanie w Korei zmusiło go do odwrotu.
19 czerwca 1419 roku, król Taejong Joseon rozkazał zaufanemu generałowi Yi Jong Mu oczyszczenie wysp z morskich rozbójników przy użyciu floty złożonej z 227 okrętów i 17 tys. żołnierzy. Po usunięciu piratów, Cuszima znalazła się w sferze wpływów dynastii Joseon.