mały|Jaz na Kanale Bernardyńskim mały|Prosna w Parku Miejskim Głównym ciekiem wodnym w Kaliszu jest płynąca z południa na północny zachód Prosna, wraz z jej kanałami: Bernardyńskim (północny) i Rypinkowskim (południowy). Dopływami w granicach miasta są prawostronne Trojanówka i Swędrnia oraz lewostronne Piwonia i Krępica. Ponadto, przez teren Kalisza, przy granicy z Nowymi Skalmierzycami, przepływa również struga Lipówka.

W dolinie Prosny znajduje się kilka starorzeczy m.in. „Wygon” i największe „Bzizie” będące ostoją ptactwa wodno-błotnego (żuraw, błotniak stawowy) i chronionych gatunków roślin. Na terenie Kalisza znajduje się również szereg pozostałości po wyrobiskach gliny w formie glinianek („Trójka”, „Tyniec”, „U Grona”, „Winiary”, „Zośka” oraz pięć stawów w Parku Przyjaźni), kilka stawów parkowych (m.in. „Kogutek” w Parku Miejskim), a także niewielki (ok. 1,5 ha) zbiornik retencyjny na terenie sołectwa Dobrzec. Przy wschodniej granicy miasta leży zaporowe Jezioro Pokrzywnickie.

W Kaliszu znajduje się około 30 mostów drogowych i pieszych (stąd Kalisz nazywany jest „polską Wenecją Północy”).