Okres represji W 1614 r. siogunat Tokugawów (Tokugawa bakufu) przygotowywał się do wojny przeciwko klanowi Toyotomi z Osaki w celu umocnienia swojej supremacji w kraju. W tym celu wydał m.in. zakaz wyznawania chrześcijaństwa, aby wyeliminować wszelkie walki o władzę i umocnić system feudalny według własnych planów. Misjonarze zostali wypędzeni do Makau i Manili, budynki kościelne zburzono. Jednak niektórzy z nich próbowali ukrywać się i potajemnie kontynuować pracę misyjną.
Aby osiągnąć założone cele oferowano nagrody za informacje prowadzące do schwytania podziemnych misjonarzy. Gdy zostali złapani, byli torturowani i uśmiercani. Podobnie niszczono tych, którzy ich ukrywali. W 1622 r. spalono lub ścięto 55 katolików uwięzionych w Nagasaki. Siogunat stopniowo intensyfikował i rozszerzał zakres represji. Uznani za chrześcijan, byli poddawani torturom i zmuszani do wyrzeczenia się wiary.