Czas oczekiwania gromadzonych na Umschlagplatzu Żydów na podstawienie wagonów wynosił od kilku godzin do nawet kilku dni. Do deportacji wykorzystywano zachodnią rampę kolejową, pozostała część kompleksu przy Stawkach pełniła normalne funkcje zaopatrzeniowe dla reszty miasta. Transport do Treblinki odbywał się w pociągach składających się z 58 krytych wagonów towarowych i 2 wagonów osobowych dla członków konwoju. Na podłogach wagonów rozsypywano substancję zawierającą chlor. Ładowanie do wagonów odbywało się w pośpiechu, a pędzeni na rampę Żydzi byli często bici i szczuci psami. Zdarzały się również strzelania w biegnący do wagonów tłum. Do jednego wagonu upychano 80–120 osób.
Pierwszy pociąg odjechał z Umschlagplatzu do Treblinki w nocy z 22 na 23 lipca 1942. Tak opisał jego przybycie do miejsca przeznaczenia pracownik stacji w Treblince i członek Armii Krajowej Franciszek Ząbecki: