20 września Naczelne Dowództwo Wojska Polskiego wezwało Żeligowskiego do Kwatery Głównej stacjonującej w Białymstoku. Żeligowski zameldował się wraz ze swoim adiutantem por. Stanisławem Łepkowskim dopiero 30 września. 1 października udał się do pociągu naczelnego wodza Józefa Piłsudskiego. W czasie rozmowy pomiędzy dwoma wojskowymi Marszałek otwarcie zasygnalizował, że w interesie Polski leży wywołanie w Wilnie powstania miejscowej ludności, które uświadomiłoby zachodniej dyplomacji, iż miasto to zamieszkane jest przez Polaków, którzy nie mogą i nie chcą znaleźć się pod władzą litewską czy też rosyjską.

Piłsudski przedstawił również generałowi konieczność powołania osoby, która wzięłaby na siebie całą odpowiedzialność za takie działania. Tej postaci marszałek upatrywał w osobie samego Żeligowskiego, któremu zaproponował dowództwo nad planowaną akcją. Generał nie odpowiedział od razu. Jako zdecydowany zwolennik Piłsudskiego, nie widział żadnych przeciwwskazań co do wykonania nieoficjalnego rozkazu Marszałka. Jednak wątpliwości jego budziły możliwości wykonania dosyć skomplikowanego zadania tak niewielką liczbą żołnierzy, jaką zaoferował mu – nie chcąc sprowadzać podejrzeń ze strony zagranicy – Józef Piłsudski (1,5 tys. ochotników). Żeligowski postulował przydzielenie mu dużo większych sił.