W 2001 zaś wywalczył drugi raz w karierze trenerskiej Puchar Europy po pokonaniu w serii rzutów karnych Valencii. W 2001 został ponownie wybrany trenerem roku na świecie. Hitzfeld jest obecnie jednym z sześciu trenerów, którym udało się wygrać Puchar Europy z dwoma różnymi klubami (obok Ernsta Happela, José Mourinho, Juppa Heynckesa, Carlo Ancelottiego oraz Pepa Guardioli). Może się także pochwalić największą liczbą trofeów wśród wszystkich niemieckich szkoleniowców – wywalczył ich aż 18. W 2004 opuścił Bayern Monachium i został zastąpiony przez Felixa Magatha. Po 3 latach powrócił do klubu z Bawarii, gdzie na trenerskim stanowisku zmienił swojego dawnego następcę Magatha. 19 lutego 2008 Szwajcarski Związek Piłki Nożnej poinformował, że w lipcu 2008 – po zakończeniu Euro 2008 – Hitzfeld objął obowiązki selekcjonera reprezentacji Szwajcarii. Na Mundialu w RPA prowadzona przez niego Szwajcaria zajęła trzecie miejsce w grupie H wygrywając mecz z Hiszpanią 1:0, remis z Hondurasem 0:0, i przegrana z Chile 0:1. Na następnym turnieju – Euro 2012 Szwajcarzy nie brali udziału, lecz udało im się awansować do Mistrzostw Świata 2014. Tam mimo nieznacznie rozczarowującej gry wyszli z grupy po dwóch zwycięstwach (2:1 z Ekwadorem i 3:0 z Hondurasem) oraz dosyć bolesnej porażce w drugim meczu 2:5 z Francją.