Zdobywcy wymordowali większość mieszkańców zdobytego miasta.
thumb|upright=1.4|Jerozolima w 1883 roku
Około 1150 r. przywódcy muzułmańscy zaczęli ponownie podkreślać znaczenie Jerozolimy dla Islamu. W 1187 Saladyn, kurdyjski sułtan Egiptu i Syrii, pokonał krzyżowców i zdobył Jerozolimę. Po odbiciu Jerozolimy zainteresowanie miastem zmalało do tego stopnia, iż w 1229 jeden z wnuków Saladyna scedował okresowo rządy nad nim na rzecz cesarza Fryderyka II w zamian za obietnicę militarnego wsparcia przeciwko swemu bratu w walce o tron. Jerozolima została ponownie zdobyta przez krzyżowców w 1229 i ostatecznie utracona w 1244.
W 1259 roku Tatarzy splądrowali Jerozolimę.
Rok 1260 to początek panowania egipskich Mameluków w Jerozolimie.
W 1517 r. Jerozolimę zdobyli Turcy. Pod panowaniem tureckiego imperium osmańskiego (1517–1917) Jerozolimę zdegradowano do roli majątku dzierżawionego powoływanym na okres roku poborcom podatkowym. Czerpano dochody, łupiąc chrześcijańskich pielgrzymów, przy czym nic nie robiono dla promowania rozwoju gospodarczego miasta. Jedynym towarem eksportowym, który figurował w ówczesnych rejestrach podatkowych, było mydło.