komenda główna została przemianowana na kapitanat. Siatka wywiadowcza w terenie składała się z 8 rejonów wywiadowczych, a te z grup. W celu jej wizytacji kpt. S. Witkowski potrafił podróżować po Niemczech przebrany za wysokiego rangą oficera SS pod fałszywym nazwiskiem Artur (August) von Tierbach.
Muszkieterzy mieli bezpośredni kontakt z brytyjskim wywiadem Intelligence Service, któremu przekazywali regularnie meldunki wywiadowcze, dzięki czemu mogli się cieszyć niezależnością od innych organizacji podziemnych, głównie ZWZ-AK. Prowadzili jednak z nimi współpracę. Na przełomie 1940 i 1941 r. komórka kontrwywiadu Muszkieterów z jej szefami S. Dembińskim i Kazimierzem Leskim została podporządkowana KG ZWZ.
Niektórzy badacze wysuwają hipotezy, że Muszkieterzy na przełomie 1941 i 1942 r. prowadzili bardzo tajemniczą grę w celu porozumienia się z Niemcami„Rzeczpospolita”, Kto strzelał do Winstona Churchilla?