Mark Daniel Milligan (ur. 4 sierpnia 1985 w Sydney) – piłkarz australijski, występujący na pozycji obrońcy lub defensywnego pomocnika w szkockim klubie Hibernian F.C.
Kariera klubowa Pierwszym klubem w karierze Milligana był klub z Sydney, Northern Spirit FC. W latach 2004–2005 był zawodnikiem Blacktown City Demons, a od lata 2005 do 2008 roku grał w drużynie Sydney FC. W A-League Milligan debiutował 27 listopada 2005 roku w meczu z Adelaide United. W sezonie 2005/2006 zagrał 10 razy w ligowych meczach. Przez cały sezon był podstawowym zawodnikiem swojej drużyny aż do półfinałowego meczu z Adelaide United, kiedy to dostał czerwoną kartkę. Wykluczyło go to wówczas z finału, w którym to jednak Sydney FC poradziło sobie bez Milligana i wygrało z Central Coast Mariners. W 2008 roku odszedł do Newcastle Jets, w którym spędził jeden sezon. W 2009 roku po raz pierwszy przeszedł do klubu zagranicznego zostając zawodnikiem chińskiego Shanghai Shenhua. W Chinach występował tylko przez jeden sezon, a przed rozpoczęciem kolejnego przeniósł się do JEF United, które akurat spadło do J. League Dywizja 2. Po zakończeniu sezonu 2011 mając jeszcze rok kontraktu odszedł na wypożyczenie do Melbourne Victory. Jego drużyna zajęła 8.