W 1941 roku w Beresteczku Niemcy utworzyli getto dla ludności żydowskiej. Getto zostało zlikwidowane we wrześniu 1942 roku przez SD z pomocą ukraińskiej policji. Trzy tysiące jego mieszkańców rozstrzelano 2 km od miastaХолокост на территории СССР: Энциклопедия. Moskwa, 2009, s. 83. . .
W 1943 roku Beresteczko było miejscem schronienia polskich uchodźców z rzezi wołyńskiej. Dla ich ochrony Niemcy powołali złożony z kilkudziesięciu Polaków oddział Schutzmannschaft, który odpierał ataki UPA. Polacy stopniowo z Beresteczka przedostawali się do Małopolski Wschodniej (wówczas w granicach Generalnego Gubernatorstwa) lub byli wywożeni na roboty przymusowe do Niemiec. 17 stycznia 1944 roku Niemcy ostatecznie ewakuowali się z Beresteczka, zabierając Polaków, którzy trafili do obozu w Prusach Wschodnich.
Pochodzący z Beresteczka Benedykt Gajewski stworzył publikację pt. Beresteczko. Szkice i materiały z dziejów miasteczka (1993).