Aparaty cyfrowe Pod koniec lat 80. marka postanowiła powoli przestawić się na produkcję cyfrówek. Jedne z pierwszych lustrzanek cyfrowych Nikon stworzył w ramach projektu badawczego prowadzonego przez NASA w 1991 roku. Przez kolejnych osiem lat pracował nad cyfrową lustrzanką jednoobiektywową, którą oficjalnie wydał w 1997 roku pod nazwą D1. Proplastą była wydana w 1995 roku E2. W 1997 roku zadebiutowały pierwsze małe aparaty cyfrowe marki Nikon pod nazwą Nikon COOLPIX. W 2005 roku zaprzestano produkcji analogowych aparatów fotograficznych i akcesoriów produkowanych do nich na rzecz aparatów cyfrowych. Wyjątek stanowi jednak małoobrazkowa profesjonalna lustrzanka F6.
W 2018 roku Nikon zapowiedział powstanie nowego bagnetu o nazwie Nikon Z. Został on zaimplementowany w aparatach bezlusterkowych Z6, Z7 i Z50. Charakteryzuje się średnicą 55 mm, czyli większą niż w Bagnet F, jak i mniejszą odległością między obiektywem, a matrycą. Dzięki temu jest możliwość zastosowania adapterów i używania obiektywów z lustrzanek. Nikon wyprodukował własne rozwiązanie Adapter FTZ, który umożliwia podpięcie obiektywów z bagnetem F do aparatów z serii Z.