W dzieciństwie chorował na astmę, często się zaziębiał. Od września 1927 do czerwca 1930 uczył się w ćwiczeniówce w Seminarium Nauczycielskim Katolickiego Związku Polek przy Krakowskim Przedmieściu 36 w Warszawie, prowadzonej przez matkę. Od września 1931 uczył się w gimnazjum w I Państwowym Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego, a następnie w 1933, po reformie jędrzejewiczowskiej został ponownie uczniem klasy pierwszej zreformowanego gimnazjum. W tej samej szkole, w 1937, rozpoczął naukę w dwuletnim liceum ogólnokształcącym, w klasie o profilu humanistycznym, które ukończył w 1939. Do równoległej klasy, o profilu matematyczno-fizycznym, chodzili jego koledzy: Tadeusz Zawadzki, Jan Bytnar i Maciej Aleksy Dawidowski, znani z książki Kamienie na szaniec. thumb|I Państwowe Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego w Warszawie, do którego uczęszczał Krzysztof Kamil Baczyński Baczyński nie przepadał za szkołą i nie był dobrym uczniem, miał kłopoty m.in. z matematyką. Wyróżniał się natomiast wiedzą na temat współczesnej mu literatury. Wiadomo, że fascynował się Ferdydurke autorstwa Gombrowicza i zimą 1938/1939 napisał własny wariant (Opowiadanie bez tytułu) – [Gimnazjum imienia Boobalka...]. Znał też ponadprzeciętnie literaturę francuską, a w późniejszych latach pisał również wiersze po francusku.