Zmotoryzowanego Pułku Przeciwlotniczego, stacjonującego w pobliskich koszarach wrzesień 1939 – w czasie obrony Warszawy osiedle stanowiło samodzielny ośrodek oporu, broniony przez III batalion 26 pułku piechoty pod dowództwem mjr. Jacka Decowskiego. Polscy żołnierze bronili Boernerowa do godzin porannych 27 września, kiedy to osiedle zostało zdobyte szturmem przez niemiecką 19 Dywizję Piechoty. 2 sierpnia 1944 – w drugim dniu powstania warszawskiego Niemcy zaskoczyli i rozbili pod Boernerowem kompanię Armii Krajowej pod dowództwem por. Jerzego Terczyńskiego ps. „Starża”, która wycofywała się z Bielan do Puszczy Kampinoskiej. W nierównej walce poległo co najmniej 73 powstańców. 1945 – zniszczenie przez Niemców Transatlantyckiej Centrali Radiotelegraficznej 31 stycznia 1947 – zmiana nazwy osiedla z Boernerowo na Bemowo. 1951 – otwarcie Wojskowej Akademii Technicznej 1987 – przywrócenie osiedlu nazwy Boernerowo 2013 – wpis układu urbanistycznego osiedla do gminnej ewidencji zabytków
Zmiany administracyjne Podczas międzywojnia były to dwie odrębne gromady (utworzone 20 października 1933) w dwóch gminach powiatu warszawskiego.