Najczęstszym skutkiem ubocznym przyjmowania dużych ilości preparatów pieprzu metystynowego jest suchość i swędzenie skóry. Zjawisko to na wyspach Fidżi określane jest mianem kani kani. Przypadłość ta występuje jedynie tymczasowo i zanika wraz z zaprzestaniem stosowania kavy.
Zalecenie, aby po spożyciu pieprzu metystynowego nie prowadzić pojazdów i obsługiwać maszyn, nie dotyczy dawek leczniczych (do 180 mg kavalaktonów), a konieczność takiego ograniczenia dla dawek większych nie została dotychczas (2013) zweryfikowana naukowo.
Interakcje Wykazano, że pieprz metystynowy może powodować interakcje z wieloma lekami poprzez hamowanie ich eliminacji przez wątrobowe izoenzymy CYP1A2, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A4 cytochromu P450. Szczególnie ryzykowne jest stosowanie suplementów diety i leków ziołowych zawierających w składzie pieprz metystynowy podczas leczenia depresji, zaburzeń lękowych i innych schorzeń psychicznych, gdyż wiele leków przeciwdepresyjnych i przeciwpsychotycznych podlega metabolizmowi z udziałem wymienionych izoenzymów cytochromu P450.