Na wymienione wyżej konflikty nałożyła się polityka Stalina, który w latach 1948–1952 przystąpił do forsowania planu masowej kolektywizacji rolnictwa, co musiało uderzyć w rodziny chłopskie, w tym także polskie. Dlatego też w okresie kolektywizacji wywieziono na Syberię całe wsie polskie z Wileńszczyzny, Grodzieńszczyzny i Tarnopolszczyzny i innych regionów oraz licznych Polaków pozostających jeszcze we Lwowie. Po śmierci Stalina w 1953 roku terror radziecki nieco zelżał i pozwolono deportowanym na powrót do swoich dawnych miejsc zamieszkania.
Zmieniły się również wytyczne Kremla w stosunku do ludności polskiej na Wileńszczyźnie. Władze radzieckie starały się po zgnieceniu litewskiego oporu znaleźć w Litewskiej SRR przeciwwagę dla ludności litewskiej. Rolę tę miała pełnić ludność polska. Dlatego w 1953 roku zezwolono na zorganizowanie w tej republice ZSRR polskiego szkolnictwa podstawowego i średniego. Oddano do polskiej dyspozycji jedną wyższą uczelnię – Państwowy Wileński Instytut Pedagogiczny. Polacy uzyskali możliwość zakładania własnych ludowych zespołów pieśni i tańca oraz amatorskiego teatru ludowego. Otrzymali również jedną gazetę „Czerwony Sztandar” i prawo do krótkich audycji radiowych.