Czekanowskiego w wyprawie wzięli udział: botanik – dr Johann Mildbread z Muzeum Botanicznego w Dahlem, zoolog – dr Hans Schubotz z Uniwersytetu Berlińskiego, geolog – dr Egon Friedrich Kirschstein z Instytutu Geologiczno-Paleontologicznego w Berlinie.
Prowadził badania międzyrzecza rzek Kongo – Nil, uczestnicząc w ekspedycji księcia Adolfa Meklemburskiego. Po powrocie usystematyzował zebrane materiały antropologiczne i etnograficzne, które zostały wydane w pięciu tomach. W 1910 r. przeniósł się do Muzeum Antropologii i Etnografii w Petersburgu. W 1913 został kierownikiem Zakładu Antropologicznego na Uniwersytecie we Lwowie, gdzie stworzył lwowską szkołę antropologiczną. Od 1916 roku był członkiem Ligi NarodowejStanisław Kozicki, Historia Ligi Narodowej (okres 1887-1907), Londyn 1964, s. 572.. Był ekspertem delegacji polskiej na konferencji pokojowej w Paryżu w 1919 roku zajmującym się zagadnieniami geograficznymi i etnograficznymiEugeniusz Romer, Pamiętnik Paryski 1918–1919. przypisy Andrzej Garlicki, Ryszard Świętek, t. I Wrocław 2010, s. 25.. W latach 1934–1936 był rektorem Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Wprowadził nowatorską zasadę statystyki matematycznej.