XX wieku, utworzono Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej jako jednostkę Uniwersytetu Warszawskiego, zarządzającą polską strategią prowadzenia badań archeologicznych w Afryce Północnej i na Bliskim Wschodzie. Stacja w Kairze funkcjonuje jako instytut naukowy w ramach Centrum Archeologii Śródziemnomorskiej Uniwersytetu Warszawskiego. Utworzenie tej placówki Michałowski uważał za swoje największe osiągnięcie.
Działalność w organizacjach naukowych Był członkiem wielu krajowych i zagranicznych akademii, towarzystw naukowych i instytutów: Accademia Nazionale dei Lincei, British Academy, Deutsche Akademie der Wissenschaften zu Berlin, Heidelberger Akademie der Wissenschaften, Sächsische Akademie der Wissenschaften zu Leipzig; Prezydium Komitetu Nauk o Kulturze Antycznej Polskiej Akademii Nauk, Komitetu Nauk Orientalistycznych Polskiej Akademii Nauk, Archaeological Institute of America, Deutsches Archäologisches Institut, Institut d’Egypte, Institut d’Égyptologie de l’Académie Tchéchoslovaque des Sciences, Institut Français d’Archéologie Orientale au Caire;