W 1486 roku, kiedy odbudowano zamek w Kownie, stał się on centrum powiatu, a namiestnik powołany przez władcę pełnił tam funkcję najwyższego urzędnika, który zarządzał okolicznym terytorium.
Po reformie administracyjno-prawnej w latach 1564–1566, Litwa, z wyjątkiem Żmudzi, na przykładzie Polski została podzielona na powiaty (okręgi). Powiat kowieński, będący do tej pory niestałą jednostką terytorialną, został podporządkowany województwu trockiemu (i należał doń do 1795 roku) i przyjął jasno określone granice. Metryka Litewska w sposób następujący opisuje terytorium powiatu kowieńskiego: „Granicą tego powiatu – z jednej strony rzeka Niewiaża do granicy Upity, z drugiej strony do granicy Wiłkomierza, włączając Kulwę i Żejmy; z trzeciej strony włączając Vaiguvę i po lewej Uogintai wzdłuż granicy Żyżmar, z czwartej strony w górę Niemna włączając Barboriškės, do puszczy Jego Królewskiej Mości, do granicy Żmudzi.” Kowno nie podlegało powiatowi. Miastu zezwolono na posiadanie pieczęci prawa ziemskiego. W 1791 roku z 20 parafii utworzono nowy okręg preński.