Po I wojnie światowej i odbudowaniu państwa litewskiego, 20 grudnia 1918 roku gubernia kowieńska została podzielona na 20 okręgów, a jako pierwszy w kraju powstał okręg kowieński. 16 lutego 1919 roku ogłoszony został okólnik Ministra Spraw Wewnętrznych nr 1 „Z powodu samorządów na Litwie”, na mocy którego Litwa została podzielona na 20 okręgów. Terytorium okręgu podlegały gminy, starostwa i w drugiej kolejności miasta. Kowno było podporządkowane republice, dlatego nie wchodziło w obszar okręgu.
W latach 1941–1944 okręg wszedł w rejon obszaru kowieńskiego Generalnego Okręgu Litewskiego Komisariatu Rzeszy Wschód.
Podczas okupacji Litwy przez ZSRR dawna struktura władzy administracyjno-terytorialnej była zachowana – pozostały okręgi, gminy, miasta. W 1946 roku gminy Kronie i Rumszyszki zostały przekazane nowemu okręgowi koszedarskiemu, gmina Pokojnie – nowemu okręgowi preńskiemu, w 1947 roku gmina Wielona – okręgowi jurbarskiemu, w 1948 roku gmina Wilki – okręgowi wileckiemu, a w 1949 roku okręgowi kowieńskiemu przypadła gmina Wejwery z okręgu mariampolskiego.