Stan techniczny okrętu po przejęciu przez Polskę nie był najlepszy, w rezultacie trafił on w 1955 roku na kilkumiesięczny remont stoczniowy; brak też było dokumentacji technicznej okrętów. 16 września ORP „Krakowiak” został przyporządkowany do 1. Brygady Okrętów Podwodnych, powstałej w miejsce rozwiązanego Dywizjonu Okrętów Podwodnych. Na koniec roku 1955 ORP „Krakowiak” zdobył tytuł przodującego okrętu Marynarki Wojennej.
W 1956 roku dowództwo 1. Brygady otrzymała do realizacji następujące zadania: przygotować okręty do działań na wodach przybrzeżnych we współdziałaniu z lotnictwem, rozpocząć szkolenie w realizacji grupowych ataków torpedowych, doskonalić umiejętności prowadzenia rozpoznania oraz operacji blokowania baz i unikania ataków sił ZOP oraz rozpocząć szkolenie w pokonywaniu strefy obrony sił ZOP. W kolejnym roku szkoleniowym zadania wyglądały następująco: doskonalenie prowadzenia działań dziennych i nocnych oraz prowadzenia rozpoznania i blokady baz przeciwnika, prowadzenie strzelań torpedowych i działań na liniach komunikacyjnych domniemanego wroga, prowadzenie służby dozorowej oraz ćwiczenia w wysadzaniu niewielkich grup dywersyjnych. W 1957 roku sześć okrętów podwodnych 1. Brygady („Krakowiak”, „Kaszub”, „Kujawiak”, „Mazur”, „Sęp” i „Ślązak”) wzięło udział w ćwiczeniach całej floty pod kryptonimem Reda ’57.