Po sezonie letnim 2012, z powodu wycofania się z finansowania rejsów przez miasto Hel i samorząd województwa pomorskiego oraz rosnących kosztów władze Gdańska i Sopotu zrezygnowały z finansowania tych połączeń. W następnym roku Żegluga Gdańska ponownie uruchomiła rejsy na Hel, tym razem w charakterze komercyjnym.
Lata 2012–2019 Pierwsze plany uruchomienia rejsów po wodach śródlądowych Gdańska pojawiły się w 2009. Proponowano uruchomienie połączeń z centrum Gdańska do Świbna. Dzięki dofinansowaniu otrzymanemu z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego 2007-2013 (fundusze Unii Europejskiej), w ramach projektu „Program ożywienia dróg wodnych w Gdańsku”, w 2012 uruchomiono połączenia na trasie Żabi Kruk – Westerplatte (wybrane rejsy do Latarni Morskiej – F5) oraz Targ Rybny – Narodowe Centrum Żeglarstwa (F6). W wyniku przetargu obsługę tych linii przejęła Żegluga Gdańska. W tym celu z Sankt Petersburga zostały zakupione 2 używane jednostki: Sonica i Sonica I, mogące pomieścić 50 pasażerów i 5 rowerów, a także wybudowano 10 przystanków i 3 przystanie.