Latem 2000 roku włoski zawodnik powrócił do Interu Mediolan, z którym zajął piąte miejsce w tabeli Serie A. Na kolejny sezon znów został jednak wypożyczony do innego klubu, a jego nowym pracodawcą okazała się być AC Parma. Ferrari rozegrał dla niej szesnaście spotkań, jednak przekonał w nich działaczy "Rossoblu", którzy po zakończeniu rozgrywek wykupili go z Interu na stałe. W Parmie wychowanek Interu grał przez kolejne trzy sezony. W ich trakcie wystąpił w 65 ligowych meczach i strzelił 3 gole. W sierpniu 2004 roku Ferrari podpisał kontrakt z AS Roma, która do nieujawnionej sumy pieniędzy za transfer dołączyła Damiano Ferronettiego.
Po rozegraniu 35 meczów, na sezon 2005/2006 Włoch został wypożyczony do Evertonu. W Premier League zadebiutował 19 września w przegranym 0:2 wyjazdowym spotkaniu z Arenalem Londyn. Pobyt w ekipie "The Toffees" był dla Ferrariego jednak dla niego nieudany. Pod koniec sezonu mówiono, że gracz ten chce powrócić do Rzymu, jednak David Moyes dał do zrozumienia, że sam zainteresowany chciałby pozostać w Evertonie. Ostatecznie włoski obrońca powrócił do Romy, z którą wywalczył wicemistrzostwo oraz puchar kraju.