thumb|left|200px|Pomnik Jakuba Wejhera w Wejherowie jako założyciela miasta Po powrocie do kraju od 1632 r. służył w wojsku koronnym króla Władysława IV w stopniu pułkownika i uczestniczył w ważniejszych kampaniach wojennych m.in. wojnie smoleńskiej (1632–1634), polsko-szwedzkiej (był komendantem portów we Władysławowie i Kazimierzowie (1635), w 1650 r. bronił Pucka, podczas potopu szwedzkiego w 1655 r. mianowany generałem ziem pruskich), polsko-ukraińskiej (walczył w 1651 r. w bitwie pod Beresteczkiem przeciwko oddziałom kozacko-tatarskim hetmana B. Chmielnickiego). Uczestniczył również czynnie w życiu politycznym.
W 1634 r., w trakcie wojny z Rosją, podczas potyczki pod miastem Biała, wybuch miny przysypał Wejhera. Ten przysiągł wówczas sobie, że w przypadku ocalenia „na wieczną pamiątkę tego dobrodziejstwa wybuduje w swoich dobrach kościół na cześć Trójcy św. i św. Franciszka i wszelkimi siłami będzie szerzył chwałę bożą”. W rezultacie 28 maja 1643 r. w swoich dobrach Wejher założył jedyne prywatne miasto na Pomorzu o nazwie Wejherowska Wola (Weiherfrai). W tym samym roku wzniósł tam kościół Trójcy Przenajświętszej, a w latach 1648–1651 kościół klasztorny franciszkanów pw. św. AnnyWe Wejherowie będą strzelać jak w szwedzkim "Potopie".