Proklamacja niepodległości przez Sudan Południowy nie przyniosła rozwiązania konfliktu, walki na granicy trwały, a obie strony obwiniano o zbrodnie wojenne. Na przełomie 2011–2012 na terenach przygranicznych z powodu głodu trwał exodus cywilów. Ponadto w Piborze w dniach 31 grudnia 2011 – 2 stycznia 2012 doszło do masakry etnicznej w której zginęło 3 tys. osób. Po negocjacjach pokojowych przywódcy Sudanu i Sudanu Południowego 10 lutego 2012 podpisali pakt o nieagresji, jednak 26 marca 2012 oba państwa rozpoczęły konfrontację graniczną o sporne regiony naftowe. 11 kwietnia 2012 Sudan ogłosił stan wojny z Sudanem Południowym, który zakończył się mediacją Unii Afrykańskiej. Zgodnie z porozumieniem bilateralnym, oba kraje wycofały swoje siły z obszaru granicznego, gdzie utworzono zdemilitaryzowaną strefę buforową.
Konflikt wewnętrzny w Sudanie Południowym tlił się w siedmiu z dziesięciu stanów. 23 lipca 2013 prezydent Kiir pozbawił stanowiska wiceprezydenta swojego politycznego rywala Rieka Machara, który zarzucił prezydentowi skłonności dyktatorskie, niegospodarność, a także zawłaszczenie państwa przez Dinków.