W 1986 roku po tym, gdy Syria złagodziła relacje z Zachodem, przeniósł się do Libii. W 1987 roku odmówił włączenia się do pierwszej intifady. Spowodowało to rozłam w szeregach Rady Rewolucyjnej. W obozach grupy w Libanie doszło do otwartego buntu przeciwko jego przywództwu. Przeciwnicy „Ojca Walki” domagali się włączenia Rady Rewolucyjnej do OWP, udziału w intifadzie i zaprzestania międzynarodowego terroryzmu. Próba wewnętrznego puczu została stłumiona na rozkaz Abu Nidala. W 1991 roku prawdopodobnie zlecił zabójstwa umiarkowanych przywódców OWP - Abu Ijada oraz Abu HolaSeale 1992, s. 32, 34, 312.. Zamierzał też zlikwidować samego Arafata, spisek został jednak wykryty. Libię opuścił w 1994 roku. W tym samym roku zrezygnował z działalności terrorystycznej. Przeniósł się do Egiptu. Tam pracował jako doradca przy zwalczaniu islamskich ekstremistów. Ostatnie lata życia spędził w Bagdadzie, gdzie dostał się nielegalnie pod fałszywym paszportem. 19 sierpnia 2002 roku zginął w niewyjaśnionych okolicznościach w swoim mieszkaniu podczas próby aresztowania. Nie jest jasne, czy popełnił samobójstwo, czy został zabity przez służby specjalne.